Shio Ogura es una estudiante de instituto normal y corriente, aunque un tanto tímida y aficionada a las armas. En un viaje a Taiwán con su clase, de repente la zona es atacada por unos monstruos. Al rescate acuden los E-Gene Holders, agentes de la agencia gubernamental DOGOO que portan armas que están imbuidas con los espíritus de varias figuras históricas. En mitad del caos, Shio se revela como una E-Gene Holder cuando el alma de Oda Nobunaga despierta en su interior al ir a rescatar a una amiga.